Jeho rané výtvarné práce byly velmi jemně provedené perokresby, které prozrazovaly vliv Paula Klea, fascinaci kovbojskými příběhy a legendami Divokého západu a především překypovaly absurditou a černým humorem. Karikaturami přispíval do Plamene, Mladého světa, Hosta do domu, Kultury a Výtvarné práce. Jeho kresby a obrázkové příběhy se později objevovaly také v dětských časopisech Mateřídouška, Sluníčko a Ohníček. Od konce 50. let se věnoval knížní ilustraci.Výběrově: Karel Konrád: Epigramy (Mladá fronta 1958); Christian Morgenstern: Všelijaká zvířata pro kluky a děvčata (SNDK 1959); Zdeněk Jirotka: Saturnin (ČS 1964); Josef Škvorecký: Nápady čtenáře detektivek (ČS 1965); William Saroyan: Já a ty (Albatros 1972) a Gene Deitch: A visit from a Turtle (Abelard-Schuman 1974). Po roce 1989 vytvořil řadu ilustrací a knižních obálek pro nakladatelství Albatros, jako například Na svatého Dyndy Jiřího Žáčka a další. V roce 2009 obdržel Zlatou stuhu za ilustrační tvorbu knih pro děti. Výrazný a nápaditý styl humoristické kresby uplatnil i jako výtvarník animovaných filmů, např.: Tucet mých tatínků, Můj miláček Clementina, v pozdější době večerníčky Edudant a Francimor a další. S režisérem Gene Deitchem vytvořil v roce 1969 film Obři, který se na festivaly dostal až po roce 1989 a po zásluze získal hlavní cenu na festivalu v Bilbau. Se svojí ženou, režisérkou Michaelou Pavlátovou, spolu v roce 2006 vytvořili animovaný film Karneval zvířat, který získal Grand Prix na mezinárodním festivalu animovaného filmu v Třeboni. Ve výčtu aktivit Vratislava Hlavatého nesmí chybět zmínka o balónovém létání. Vratislav Hlavatý patří k zakládajícím členům Balónového klubu, mimo jiné byl v letech 1992 a 1993 účastníkem mistrovství Evropy a světa v balónovém létání a držel ve své době několik rekordů ve výškovém létání.

Mimo jiné vystavoval i na kolektivních výstavách ve Finsku, USA, Polsku. Je zastoupen ve sbírkách Umělecko průmyslového muzea v Praze, Moravské galerie Brno, Art Muzeu v Lahti, Muzeu animovaného filmu na zámku Kratochvíle.